O Município surgiu em 1953 com a Colônia Agrícola Coronel Mota. Os primeiros habitantes foram japoneses que plantavam pimenta do reino, tomate e outros vegetais. Mas o nome de Alto Alegre foi escolhido por Matteus Costa e seus companheiros, recém-chegados do Maranhão, o qual, ao buscar áreas agricultáveis no interior do atual município para trabalhar, encontrou-nas na Mata geral, local que começa na margem esquerda do rio Mucajaí.

A atual população não-indígena é formada, em sua maioria, por maranhenses. A colônia se transformou em município pela Lei Federal Nº 7.009, de 1º julho de 1982, tendo o território do município de Alto Alegre se desmembrado do município da Capital do Estado.

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Referência: FREITAS, Aimberê (1998). Estudos Sociais - RORAIMA.